Ostatnia modyfikacja dnia 25 czerwca, 2021
Inbred genomowy (z ang. genomic inbreeding) to poziom homozygotyczności określany na bazie polimorfizmu podstawień jednonukleotydowych (SNP) poznawanych w drodze genotypowania. Zasadniczo inbred genomowym ma tę przewagę nad inbredem określanym na bazie analizy rodowodu, że
- określa rzeczywisty poziom homozygotyczności uwzględniający proces segregacji, który nastąpił przy tworzeniu osobnika, a nie opierający się na założeniu, że jest 50% szans na otrzymanie allelu, którego przodek uzyskał od swojego ojca i 50% szans, że od matki.
- jest wolny od błędów kontroli użytkowości skutkujących przypisywaniem zwierzętom błędnych przodków w dokumentacji hodowlanej.
Istnieją różne sposoby szacowania inbredu genomowego:
- bazujące na macierzy spokrewnień genomowych
- określając wzrost częstości alleli względem przyjętej populacji bazowej; w efekcie powstają: macierze spokrewnień genomowych (macierz G lub macierz H).
- bazujące na homozygotyczności
- kalkulując frakcję obserwowanych alleli znajdujących się w układach homozygotycznych
- analizując tzw. ciągi homozygotyczności (ROH); w takim wypadku inbred genomowy jest tym wyższy im większy jest udział ciągów homozygotyczności w genomie;
- bazujące na identyczności przez pochodzenie
- łączące informacje markerowe i pochodzące z informacji rodowodowej. © Tomasz Strabel